Posteriormente, y tras pasar por varios restaurantes, comienza su verdadera profesión en la cocina del restaurante Edelweis. Sus siguientes pasos los da como segundo jefe de cocina en el Hotel Internacional. Y más adelante también trabaja durante algún tiempo en el restaurante Club 31. De ahí entra a formar parte de la compañía Sigla, y comienza  a trabajar en el Restaurante El Circo. 

En el año 1985, Sigla decide reformar el restaurante El Bodegón, y desde entonces permanece allí. 
Antes de la inauguración de El Bodegón José pasa un tiempo en el restaurante Akelarre de San Sebastián junto a Pedro Subijana. En Septiembre de 1997 está una temporada en el restaurante El Bulli de Rosas (Gerona). 

Actualmente, Machado sigue como Chef de El Bodegón, asesorado gastronómicamente por Hilario Arbeláitz, del restaurante Zuberoa de Oyarzún (Guipúzcoa), donde José también ha estado trabajando en dos ocasiones.